Los ataques SQL-Injection son unos de los más habituales en el mundo web. Aquí vamos a ver una serie de consejos para evitar estos agujeros en la seguridad:

Lo primero es seguir una serie de consejos a nivel de administración, como limitar los permisos del usuario a nivel de base de datos. Por ejemplo, en la mayoría de aplicaciones web lo habitual es que no tenga que utilizarse DROP, por lo que por seguridad sería mejor no permitir ya al usuario hacerlo. También sería interesante no dar información extra al atacante evitando sacar en pantalla los errores de la base de datos. En ese caso lo ideal es capturar el error haciendo uso de exception. Tampoco hay que confiarlo todo a las validaciones por javascript, porque el atacante puede saltárselas desactivándolo desde el navegador, por lo que mejor hacer las validaciones del lado del servidor. Y finalmente escapar las comillas con msqli_real_scape_string (en caso de que usemos MySQL), pg_scape_string (en caso de PostgreSQL) o addslashes (por si utilizamos otro SGBD). También podemos utilizar htmlentities para convertir los textos en entidades html, como un plus a la seguridad. Abajo un simple ejemplo:

<?php

try{
  $query = sprintf("SELECT * FROM users WHERE id=%d", mysqli_real_escape_string($id));
  $query = htmlentities($query);
  mysqli_query($query);
}catch(Exception $e){
    echo('Lo sentimos, ha habido un error en la conexión');
}
?>

Como medida extra se podrían utilizar expresiones regulares para evitar la inserción de ciertas palabras (SELECT, DROP, UNION…), si bien puede resultar poco práctico, sobre todo si tu software está destinado al mercado británico.

Pero si todo esto te parece lioso, hay una alternativa: la clase PDO. Dicha clase nos facilitará mucho la vida a la hora de trabajar con bases de datos, ya que nos permite abstraernos del SGDB que estemos utilizando. Si por ejemplo, en una página donde no utilices PDO o algo similar sino el mysql_connect simple, decides migrar tu web de MySQL a PostgreSQL tendrías que cambiar todos los métodos del conector de MySQL por los métodos de PostgreSQL. Con PDO bastaría con que cambiaras una sola línea de código, concretamente la de la creación del objeto PDO, y el resto de la aplicación seguiría funcionando. PDO además te permitirá usar consultas parametrizadas (como los Prepared Statements de java) o realizar transacciones. En fin, en el enlace de arriba tenéis todo el manual de PDO para estudiarlo si queréis. Ahora vamos con un simple ejemplo de Prepared Statement, para que veáis lo sencillo que es (dando por sentado para el ejemplo que ya hemos creado el objeto PDO, tal cual está explicado en el manual del enlace).

<?php
  $prepared_statement = $pdo->prepare("SELECT name FROM usuarios WHERE id = :id");/*preparamos la consulta*/
  $prepared_statement->bindParam(':id', $_GET['id'], PDO::PARAM_INT); /*Le pasamos el parámetro, asociado al parámetro de la consulta y definiendo su tipo (si no, por defecto lo trata como string)*/
  $prepared_statement->execute(); /*ejecutamos*/
  $prepared_statement = $statement->fetch(); /*recogemos los resultados, como un array. Se pueden utilizar parámetros para especificar otro tipo de respuesta, como por ejemplo PDO::FETCH_ASSOC para obtener un array asociativo*/
?>

Y con estos breves consejos lograrás que tu página sea más segura. El consejo: utiliza PDO, por ahorrarte comeduras de cabeza, por seguridad y por portabilidad de tu código.