Vamos con una serie de consejos a la hora de optimizar consultas en MySQL:

• No uses el comodín * si no quieres recuperar todos los datos. Estarás aumentando innecesariamente el volumen de datos.
• En selects, updates y deletes utiliza LIMIT 1 cuando sólo esperes un resultado. De esa forma cuando lo encuentre parará, y no recorrerá toda la tabla. Esto además te valdrá como medida de seguridad, ya que un pudate o delete mal hecho puede joderte una tabla y empantanarte en una recuperación de datos.
• En las cláusulas where no utilices paréntesis innecesarios.
• Si al hacer una consulta con GROUP BY o DISTINCT sabes que el resultado va a ser reducido usa la opción SQL_SMALL_RESULT, que usará tablas temporales dándote mayor velocidad en el acceso a datos.
• COUNT(*) sólo se debe utilizar en consultas sin WHERE y que afecten a sólo una tabla.
• En los selects que impliquen varias tablas utiliza alias y ponlos antes de los campos. Ahorrarás tiempo al no tener que buscar la tabla a la que pertenece.
• Para unir tablas no uses un where. Funciona, pero ahí el motor hace el producto cartesiano de todas las tablas implicadas y luego lo filtra. INNER JOIN, LEFT JOIN o RIGHT JOIN son tus fieles amigos. Si los usas las tablas se irán uniendo a medida que las declaras
• Usa columnas NOT NULL si es posible. Las columnas NULL requieren de un bit extra.
• Para ordenación aleatoria no uses ORDER BY RAND(). En ese mismo blog ya dimos opciones alternativas
• Analiza tus consultas con EXPLAIN. Si pones EXPLAIN antes de tu consulta recibirás una explicación de cómo se realiza esta en el servidor. Esto te permitirá ver formas de optimizarla.
• A la hora de relacionar tablas usa siempre campos que estén indizados, ganarás en velocidad.
• Optimiza tus índices. Ten en cuenta que suelen agilizar las lecturas pero ralentizar las inserciones (bueno, lo de ralentizar es en Microsoft SQL-Server, debería mirar sin en MySQL también ocurre eso). Aquí tienes un buen artículo sobre el tema (aunque puede que dentro de poco haga yo uno)

En fin, una serie de consejillos para mejorar el rendimiento de vuestra base de datos. Por cierto, y a modo anecdótico. Hace años un ingenieron me dijo que no usara LIMIT 1 porque era «meter más consultas que no van a hacer nada porque estás buscando sobre un ID»… todavía no he encontrado a nadie más que defienda esa teoría (igual era ingeniero agrónomo y no informático, eso explicaría mucho).