Pues llevo unas horas pegándome con este problema. Ayer un compañero se puso a instalar un SQL-Server 2008 y se le ocurrió poner la misma ruta para los recursos compartidos de la versión de x86 y para la de 64 bits. Cuando llegué hoy a restaurar la base de datos que tenía que ir en ese equipo me encontré con que no podía restaurarla.
Decidí que lo mejor sería desinstalar el motor de base de datos y volver a instalarlo, pero me saltó el error del título: «El valor de la línea de comandos INSTALLSHAREDWOWDIR no es válido. Compruebe que la ruta de acceso especificada es válida y diferente de la ruta de acceso de INSTALLSHAREDDIR«. Como el tiempo apretaba y no acababa de encontrar en google ninguna solución para cambiar esas rutas pensé que la solución rápida sería instalar otra instancia con otro nombre y usar esa, dejando la primera mal instalada apagada, pero me encontré con que el instalador tampoco me permitía cambiar la ruta duplicada al iniciar una nueva instalación.
Busqué en Google pero no había casi pistas, de hecho el ejemplo que encontraba no solía ser para esto problema sino para otro en el que uno de los directorios está definido y el otro no, que no era el caso. La cosa era que si el programa de instalación estaba abriendo ya con una ruta cargada esa ruta tenía que estar definida en algún sitio. Fiándome de un foro busqué un fichero que se llamase config.ini o ConfigurationFile.ini sin suerte. Al final encontré esta entrada en otro blog donde alguien había tenido ese problema cuando intentó actualizar de un 2008 a un 2014.
La cosa es que la ruta está guardada en el registro del sistema, en concreto en la clave HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Installer\UserData\S-1-518\Components\0D1F366D0FE0E404F8C15EE4F1C15094 para INSTALLSHAREDDIR y en la clave HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Installer\UserData\S-1-5-18\ Components\C90BFAC020D87EA46811C836AD3C507F para INSTALLSHAREDWOWDIR. Decidí modificar todos los valores y cambiarlos por la ruta por defecto que suele usar SQL-Server para no tener ya más quebraderos de cabeza. Tras el cambio no tuve ni que reiniciar, volví a abrir el programa de instalación y me permitió desinstalar y volver a instalar correctamente.