Es habitual que algunas versiones de Internet Explorer den la tabarra al ser un navegador que no sigue los estándares. Tranquilos, don’t worry. Podéis detectar con PHP si el navegador es Explorer y, dependiendo del resultado, mostrar una maquetación u otra. La función es simple:

<?php
$browser = getenv("HTTP_USER_AGENT");
if (preg_match("/MSIE/i", "$browser"))
{
    //Lo que toque hacer con el Explorer
}
else
{
   //El resto
}
?>

Claro que hay que reconocer que IE9 o IE10 no son tan problemáticos como las versiones anteriores ¿Y si sólo quieres descartar del 8 para abajo? Bueno, toca cambiar un poco el código, para así poder detectar el número de versión (que por suerte está casi extinto, pero todavía arreglo equipos con Internet Explorer 6):

if(preg_match('/(?i)MSIE [5-8]/',$_SERVER['HTTP_USER_AGENT']))
{
   //Aquí lo que va a hacer si es menor que 8
}
else
{
    //Aquí el resto de navegadores y explorers más nuevos.
}

En fin, si queréis sí permitir el 8 y no el 6 y el 7… bueno, pues cambiáis el rango en la expresión regular del ejemplo, y listo.